COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 6.963514 6.963514 8.533007
2021-05-14 17:00:00 8.223659 8.223659 8.689373
2021-05-13 17:00:00 8.423805 8.423805 8.861576
2021-05-12 17:00:00 8.372252 8.372252 8.973754
2021-05-11 17:00:00 7.881539 7.881539 9.094987
2021-05-10 17:00:00 11.057420 11.057420 9.337937
2021-05-09 17:00:00 9.658932 9.658932 9.661650

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 7.655502 7.655502 7.268530
2021-05-14 17:00:00 10.191083 10.191083 7.436504
2021-05-13 17:00:00 6.696764 6.696764 7.636045
2021-05-12 17:00:00 9.746589 9.746589 7.806376
2021-05-11 17:00:00 5.256154 5.256154 7.766226
2021-05-10 17:00:00 17.821782 3.592814 7.565521
2021-05-09 17:00:00 7.997794 7.997794 7.632956

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 16.879433 16.879433 16.625932
2021-05-14 17:00:00 17.812500 17.812500 16.759273
2021-05-13 17:00:00 16.485507 14.398734 17.055932
2021-05-12 17:00:00 19.212598 19.212598 17.639425
2021-05-11 17:00:00 12.965964 12.965964 17.600555
2021-05-10 17:00:00 11.428571 18.124006 17.158104
2021-05-09 17:00:00 17.457627 17.457627 16.883580

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 6.276423 6.276423 8.692913
2021-05-14 17:00:00 8.408109 8.408109 8.739052
2021-05-13 17:00:00 10.199626 10.199626 8.873013
2021-05-12 17:00:00 10.248902 10.248902 8.881627
2021-05-11 17:00:00 8.652793 8.652793 8.989651
2021-05-10 17:00:00 10.325753 5.583250 8.955758
2021-05-09 17:00:00 10.239580 10.239580 8.974844

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 6.106377 6.106377 7.371982
2021-05-14 17:00:00 8.909786 7.384900 7.503031
2021-05-13 17:00:00 7.730343 7.730343 7.638307
2021-05-12 17:00:00 7.444349 7.444349 7.728569
2021-05-11 17:00:00 9.197976 9.197976 7.881848
2021-05-10 17:00:00 16.365845 6.228945 7.893861
2021-05-09 17:00:00 8.092144 8.092144 8.089090

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 15.264977 15.264977 19.556319
2021-05-14 17:00:00 8.820234 18.760640 19.895330
2021-05-13 17:00:00 24.273370 24.273370 19.774242
2021-05-12 17:00:00 17.330609 17.330609 19.421128
2021-05-11 17:00:00 18.088060 18.088060 19.257416
2021-05-10 17:00:00 23.585378 23.585378 19.503621
2021-05-09 17:00:00 22.491349 22.491349 20.034837

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 3.296171 3.296171 3.890365
2021-05-14 17:00:00 2.810304 2.810304 3.931797
2021-05-13 17:00:00 5.058169 5.058169 4.010538
2021-05-12 17:00:00 4.120879 4.120879 3.983174
2021-05-11 17:00:00 4.464286 4.464286 4.167790
2021-05-10 17:00:00 6.859206 2.303030 4.279740
2021-05-09 17:00:00 4.551539 4.551539 4.325815

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 3.896593 3.896593 4.379871
2021-05-14 17:00:00 4.523321 4.523321 4.517527
2021-05-13 17:00:00 4.183726 4.183726 4.606449
2021-05-12 17:00:00 4.152726 4.152726 4.636298
2021-05-11 17:00:00 4.130081 4.130081 4.682008
2021-05-10 17:00:00 9.832273 4.350051 4.757583
2021-05-09 17:00:00 5.181483 5.181483 4.829990

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 4.787759 4.787759 6.440066
2021-05-14 17:00:00 6.715328 6.715328 6.539164
2021-05-13 17:00:00 5.229650 5.229650 6.710141
2021-05-12 17:00:00 7.218576 7.218576 6.886179
2021-05-11 17:00:00 6.441872 6.441872 7.055076
2021-05-10 17:00:00 6.082949 6.811451 7.131983
2021-05-09 17:00:00 7.132802 7.132802 7.396431

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 7.172602 7.172602 7.663461
2021-05-14 17:00:00 7.755566 7.755566 7.851028
2021-05-13 17:00:00 8.563892 8.563892 8.134002
2021-05-12 17:00:00 7.611665 7.611665 8.291808
2021-05-11 17:00:00 6.343584 4.951615 8.441302
2021-05-10 17:00:00 7.593123 8.424932 8.359536
2021-05-09 17:00:00 8.908895 8.908895 8.504535

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 6.949627 10.797575 9.399932
2021-05-14 17:00:00 10.003970 10.003970 9.582095
2021-05-13 17:00:00 8.720060 8.720060 9.716347
2021-05-12 17:00:00 8.839354 8.839354 9.837279
2021-05-11 17:00:00 6.687334 6.687334 9.896166
2021-05-10 17:00:00 10.654206 9.494703 10.013872
2021-05-09 17:00:00 12.007685 12.007685 10.141988

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 1.559454 1.559454 2.685495
2021-05-14 17:00:00 2.483444 2.483444 2.866079
2021-05-13 17:00:00 2.977667 2.977667 2.896194
2021-05-12 17:00:00 2.661208 5.068226 3.085684
2021-05-11 17:00:00 1.336898 1.336898 3.086476
2021-05-10 17:00:00 1.459854 0.393701 3.237431
2021-05-09 17:00:00 2.731411 2.731411 3.422050

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 21.722846 21.722846 10.005772
2021-05-14 17:00:00 9.878214 9.878214 9.746776
2021-05-13 17:00:00 5.380795 5.380795 9.572937
2021-05-12 17:00:00 38.297872 23.049645 9.523214
2021-05-11 17:00:00 5.638298 5.638298 9.144119
2021-05-10 17:00:00 1.568627 25.490196 9.266645
2021-05-09 17:00:00 13.879599 13.879599 9.122597

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 4.203324 4.203324 6.500975
2021-05-14 17:00:00 5.889145 5.889145 6.903227
2021-05-13 17:00:00 6.105991 6.105991 7.036983
2021-05-12 17:00:00 7.497360 7.497360 7.346907
2021-05-11 17:00:00 8.764940 8.764940 7.853913
2021-05-10 17:00:00 9.677419 6.581986 8.034063
2021-05-09 17:00:00 10.307414 10.307414 8.382533

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 7.175433 7.175433 9.376109
2021-05-14 17:00:00 10.369467 10.369467 9.602063
2021-05-13 17:00:00 10.736010 10.736010 9.813434
2021-05-12 17:00:00 12.717713 12.717713 10.100179
2021-05-11 17:00:00 8.982849 8.982849 10.201480
2021-05-10 17:00:00 11.902305 5.297810 10.106505
2021-05-09 17:00:00 13.665743 9.384164 10.194140

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 23.209169 23.209169 25.307969
2021-05-14 17:00:00 25.886991 25.886991 25.355315
2021-05-13 17:00:00 27.077224 27.077224 25.718869
2021-05-12 17:00:00 20.283641 20.283641 26.635348
2021-05-11 17:00:00 20.387481 20.387481 27.080086
2021-05-10 17:00:00 23.568702 23.568702 27.889871
2021-05-09 17:00:00 42.194644 42.194644 28.204815

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 2.558228 2.558228 3.293588
2021-05-14 17:00:00 4.114713 4.114713 3.478767
2021-05-13 17:00:00 2.617230 2.617230 3.581325
2021-05-12 17:00:00 4.221636 4.221636 3.756553
2021-05-11 17:00:00 3.896714 3.896714 3.863507
2021-05-10 17:00:00 3.125000 1.269971 3.866527
2021-05-09 17:00:00 2.930005 2.930005 3.946567

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 7.202897 7.202897 8.020922
2021-05-14 17:00:00 7.832149 7.832149 8.040595
2021-05-13 17:00:00 7.949901 7.949901 8.449150
2021-05-12 17:00:00 7.983691 7.983691 8.560840
2021-05-11 17:00:00 8.352018 7.717821 8.772131
2021-05-10 17:00:00 8.243527 8.243527 8.999625
2021-05-09 17:00:00 8.840372 8.840372 9.149306

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 6.218338 6.218338 6.839938
2021-05-14 17:00:00 6.683512 6.683512 6.913484
2021-05-13 17:00:00 7.654321 7.654321 7.091732
2021-05-12 17:00:00 6.667565 6.667565 7.245993
2021-05-11 17:00:00 5.254116 5.254116 7.318640
2021-05-10 17:00:00 11.646489 6.091692 7.376273
2021-05-09 17:00:00 9.648173 9.648173 7.600454

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 8.000000 8.000000 12.206216
2021-05-14 17:00:00 10.719530 10.719530 12.365526
2021-05-13 17:00:00 17.752235 17.752235 12.479416
2021-05-12 17:00:00 8.297414 8.297414 12.639033
2021-05-11 17:00:00 13.571429 13.571429 12.630330
2021-05-10 17:00:00 13.740458 12.515964 12.665516
2021-05-09 17:00:00 17.880795 17.880795 12.678077

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 6.289308 6.289308 14.438274
2021-05-14 17:00:00 24.157303 24.157303 15.008842
2021-05-13 17:00:00 19.078947 19.078947 15.473302
2021-05-12 17:00:00 14.743590 14.743590 15.311876
2021-05-11 17:00:00 9.871245 9.871245 15.101166
2021-05-10 17:00:00 35.849057 35.849057 15.045075
2021-05-09 17:00:00 3.652968 3.652968 15.181680

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-15 17:00:00 10.537634 14.147465 13.205624
2021-05-14 17:00:00 15.039841 15.039841 13.103111
2021-05-13 17:00:00 10.813309 10.813309 13.437082
2021-05-12 17:00:00 13.288410 13.288410 13.752617
2021-05-11 17:00:00 13.318429 13.318429 14.183417
2021-05-10 17:00:00 10.497238 10.497238 14.161465
2021-05-09 17:00:00 15.594295 15.594295 14.285446

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.655502 7.655502 7.268530
Basilicata 16.879433 16.879433 16.625932
Calabria 6.276423 6.276423 8.692913
Campania 6.106377 6.106377 7.371982
Emilia-Romagna 15.264977 15.264977 19.556319
Friuli Venezia Giulia 3.296171 3.296171 3.890365
Lazio 3.896593 3.896593 4.379871
Liguria 4.787759 4.787759 6.440066
Lombardia 7.172602 7.172602 7.663461
Marche 6.949627 10.797575 9.399932
Molise 1.559454 1.559454 2.685495
P.A. Bolzano 21.722846 21.722846 10.005772
P.A. Trento 4.203324 4.203324 6.500975
Piemonte 7.175433 7.175433 9.376109
Puglia 23.209169 23.209169 25.307969
Sardegna 2.558228 2.558228 3.293588
Sicilia 7.202897 7.202897 8.020922
Toscana 6.218338 6.218338 6.839938
Umbria 8.000000 8.000000 12.206216
Valle d'Aosta 6.289308 6.289308 14.438274
Veneto 10.537634 14.147465 13.205624

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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